Die verschiedenen Phasen des Baus und des Wiederaufbaus, die im Laufe der Zeit zur ursprünglichen Struktur hinzugefügt wurden, rechtfertigen verschiedene stilistische Überlagerungen.
Die Kathedrale im 14. Jahrhundert verlängerte die drei Schiffe mit einer Folge von achteckigen Säulen, die von Spitzbögen überragt werden, wie sie heute entlang des südlichen Schiffs zu sehen sind.
Die Kathedrale bestand aus drei Schiffen, einem Querschiff mit drei Apsiden. Die Haupttribüne war der Jungfrau Maria und Jakobus gewidmet, die zweite rechte Tribüne San Gerlando und Johannes dem Evangelisten, und die dritte im Norden zu Ehren von Stephanus dem Protomärtyrer und Giles dem Abt. Dies scheint die Erweiterung der Kirche in der ersten Hälfte des 14. Jahrhunderts zu sein, die der heutigen entspricht.
Es folgen der Altar des heiligen Eligius, der Altar des Grabes des heiligen Gerlando, die Kapelle des heiligen Bartholomäus, der Altar der heiligen Maria und der Altar der heiligen Agatha. Das Dach war wahrscheinlich durch eine Dachkonstruktion mit Balken gekennzeichnet, von der keine Spur mehr bleibt.
Zwischen 1330 und 1360 erweiterte die Kathedrale die Anordnung der Schiffe, die heute in der Abfolge von achteckigen Sandsteinsäulen zu sehen sind, die heute nur noch entlang der südlichen Seite des Mittelschiffs der Kirche erhalten sind, und eine Reihe von leeren Lunetten, die einst fein freskiert waren, dank des finanziellen Beitrags adeliger Familien aus Agrigent.
Ursprünglich sollten zwei Marmorsarkophage die Leichen von Markisia Prefolio, einer adligen Frau aus Agrigent, der Frau von Federico Chiaramonte, und ihrem Sohn Federico sowie Marino Capizzi aufnehmen.
Aus dieser Zeit stammen die Fresken des südlichen Schiffs und der Kapelle des heiligen Bartholomäus unter dem normannischen Uhrturm. Die 1951 abgelösten Fresken werden heute in den Sälen des Diözesanmuseums aufbewahrt. Es handelt sich um dreizehn Fragmente, die zwischen dem 14. und 15. Jahrhundert datiert werden.
Entlang des südlichen Schiffs befand sich eine Reihe von Arcosolien, die andere Fresken beherbergten. Die Lunette, die heute geschlossen ist, in der Nähe der heutigen Kapelle von San Gerlando, war mit der Himmelfahrt und einer Figur eines Heiligen auf dem Thron geschmückt; in der zweiten ein Triptychon, das die Madonna mit Kind zwischen Onuphrius und der Madonna mit Kind darstellt, und in den Laibungen zwei Figuren von Heiligen; in der dritten Lunette Dionysius von Frankreich; in der vierten Johannes der Evangelist; und die Madonna von Itria, die auf einem der Pfeiler angebracht ist, gegenüber der Kapelle des heiligen Bartholomäus.
Die Kapelle des heiligen Bartholomäus bewahrt heute auf der unteren Ebene eine gewölbte Kapelle, die im 14. Jahrhundert dem heiligen Bartholomäus gewidmet war, mit Spuren von Fresken, die Bartholomäus, die Kreuzigung und die Madonna del Latte, Christophorus und einen Heiligen darstellen, die heute musealisiert sind.
