Im Jahr 480 v. Chr., nur wenige Schritte von der heutigen Kathedrale von Agrigent entfernt, erhob sich ein majestätischer Tempel, der dem Zeus Atabyrios gewidmet war und vom griechischen Historiker Polybios identifiziert wurde.
Etwas weiter unten als der Zeus-Tempel stand ein kleinerer Tempel, vermutlich der Göttin Athene geweiht. Im Laufe der Jahrhunderte und mit dem Wechsel der Völker, die dieses Gebiet bewohnten, gingen die Spuren des größeren Tempels verloren.
Die Basis des kleineren Tempels ist noch heute sichtbar. Dies liegt daran, dass während der byzantinisch-arabischen Zeit, zwischen dem 6. und 9. Jahrhundert n. Chr., auf den Ruinen des Athene-Tempels eine byzantinische Kirche errichtet wurde, die heutige Santa Maria dei Greci.
Aufgrund seiner baulichen Merkmale kann er den Tempeln zugeordnet werden, die nach der Schlacht von Himera im Jahr 480 v. Chr. errichtet wurden, um den Sieg der griechischen Städte Akragas, Syrakus, Himera und Gela über die Karthager zu feiern.
Die heutige sakrale Nutzung des Ortes ist ein außergewöhnliches Beispiel für die Kontinuität von Kultstätten von der Antike bis heute. Die Überreste des antiken griechischen Tempels sind in den Fundamenten der Kirche und im Korridor neben der Umfassungsmauer sichtbar, wo die antiken Stufen und das Fundament (Krepidoma) zu sehen sind, auf dem die unteren Teile von sechs kannelierten Säulen ruhen.
Die Umwandlung des klassischen Gebäudes in eine christliche Kirche wird auf die byzantinische Epoche datiert, als das ursprünglich der Göttin Athene geweihte heidnische Heiligtum der Jungfrau Maria gewidmet wurde, gemäß dem Konzil von Ephesus im Jahr 431 n. Chr. und den Dekreten der byzantinischen Kaiser Theodosius II. und Valentinian III. im Jahr 435 n. Chr.
Dank dieses Dekrets und der Weihe durch Bischof Gregor II. blieb der sogenannte Tempel der Concordia im Tal der Tempel bis heute in seiner Struktur intakt, da er bis zum Ende des 18. Jahrhunderts als Basilika der Heiligen Petrus und Paulus genutzt wurde.
Die heutige Struktur der Kirche Santa Maria dei Greci stammt aus dem 13. Jahrhundert, während das spitzbogige Portal der Fassade auf das 14.-15. Jahrhundert datiert wird und über einem früheren Portal liegt.
Die älteste Pergamenturkunde der Diözese Agrigent berichtet, dass im Jahr 1092 Bischof Gerlando, der von Graf Roger beauftragt wurde, das Gebiet von Agrigent zu evangelisieren, in der Kirche Santa Maria dei Greci Gottesdienste abhielt, während die Kathedrale noch im Bau war.
Die kleine Kirche aus der normannisch-staufischen Zeit war vermutlich kleiner als die heutige, mit einem zentralen Grundriss und einer Kuppel. Die Außenseite, die durch Restaurierungen Anfang des 20. Jahrhunderts vollständig verändert wurde, muss ursprünglich eine Steinverkleidung mit geschnitzten Blendbögen und Fenstergewänden gehabt haben, wie historische Fotos zeigen. Der Grundriss folgte einem perfekten geometrischen System des Quincunx (die abstrakte Dimension des Kreises, der die perfekte und unendliche Form trifft; mit dem rationalen und messbaren Quadrat), das byzantinische und arabische Elemente integrierte, welche durch die integrative Politik der Normannen verbreitet wurden.
Seit dem 13. Jahrhundert war Agrigent eine Station für Pilger und Soldaten auf dem Weg ins Heilige Land. Zeugnisse dafür sind die Spuren eines alten Kreuzgangs neben der Kirche, der bis ins 17. Jahrhundert bestand, die gefundenen Votivmedaillen in der Krypta sowie die Gravur des “dreifachen Geheges” (drei konzentrische Quadrate, durch zwei orthogonale Linien durchschnitten). Dieses mystische Symbol steht für die Orientierung des Menschen im Raum und im Leben, den Gegensatz zwischen Erde und Himmel und kann auch das geschaffene Universum symbolisieren. Das Symbol ist noch heute in der Apsis, auf der rechten Innenwand eingraviert, sichtbar.
Im 14. Jahrhundert wurde die Bruderschaft von Santa Maria dei Greci gegründet, eine Laienvereinigung zur Unterstützung der Bedürfnisse der Gemeinschaft. Diese Präsenz rechtfertigte im 17. Jahrhundert die Schaffung der unter dem Kirchenboden sichtbaren Krypta, in der die Mitglieder der Bruderschaft begraben wurden. Weitere Veränderungen erfolgten im 15. Jahrhundert unter der katalanischen Adelsfamilie Pujades, deren Wappen sich auf dem Schlussstein des Kirchenportals befindet. Eine majestätische Holzdecke mit heiligen Bildern von Heiligen, Adelswappen, Alltagsszenen und Vasen mit Zweigen wurde errichtet. Zudem wurde ein großes Fresko im rechten Seitenschiff gemalt, das Episoden aus dem Leben der Jungfrau Maria darstellt, eingerahmt von den Zweigen eines bemerkenswerten Stammbaums, der vom alten Jesse, Vater von König David und Vorfahr Jesu von Nazareth, ausgeht.
Im 17. Jahrhundert wurde die Kirche im Barockstil umgestaltet und mit wertvollen Materialien wie Marmor bereichert. Aus dieser Zeit stammt das Grabmonument eines Jungen aus der Familie Termini und Caputo, Wohltäter der Bruderschaft zur Unterstützung der Bildung von Waisenmädchen.
Im Jahr 1726 wurden weitere Veränderungen vorgenommen: Drei kleine Kuppeln und weitere architektonische Elemente wurden hinzugefügt, mit aufwendigem Stuck, sodass die Kirche stark verändert erschien, sowohl innen als auch außen, wie aus der Zeichnung von Raffaello Politi aus dem Jahr 1826 hervorgeht. Der heutige Zustand ist den Ausgrabungen und der Restaurierung von 2005 zu verdanken, die das gesamte Fundament des Tempels und die Krypta freigelegt haben.