Las diversas fases de construcción y reconstrucción, que con el tiempo se añadieron a la estructura original, justifican diferentes superposiciones estilísticas.
La Catedral en el siglo XIV prolongó las tres naves con una sucesión de columnas octogonales coronadas por arcos apuntados, como se ven hoy a lo largo de la nave sur.
La Catedral estaba compuesta por tres naves, un transepto con tres ábsides. La tribuna principal estaba dedicada a la Virgen Asunta y a San Jaime, la segunda tribuna derecha a San Gerlando y San Juan Evangelista, y la tercera al norte en honor a San Esteban Protomártir y San Gil Abad. Esta parece ser la extensión de la iglesia en la primera mitad del siglo XIV, correspondiente a la actual.
Siguen el altar de San Eligio, el altar del Sepulcro de San Gerlando, la capilla de San Bartolomé, el altar de Santa María y el altar de Santa Águeda. El techo probablemente estaba caracterizado por un techo de armadura, del cual no queda ningún rastro.
Entre 1330 y 1360, la Catedral amplió la disposición de las naves, identificadas hoy en la sucesión de pilares octogonales de arenisca, que hoy se conservan solo a lo largo del lado sur de la nave central de la iglesia, y una serie de lunetas vacías que alguna vez estuvieron finamente frescadas, gracias a la contribución económica de familias nobles de Agrigento.
Originalmente, dos sarcófagos de mármol debían albergar los cuerpos de Markisia Prefolio, una noble de Agrigento, esposa de Federico Chiaramonte, y su hijo Federico, así como Marino Capizzi.
De este período datan los frescos de la nave sur y la capilla de San Bartolomé bajo la torre del reloj normanda. Los frescos desprendidos en 1951 se conservan ahora en las salas del Museo Diocesano. Estos son trece fragmentos, que datan entre los siglos XIV y XV.
A lo largo de la nave sur, una serie de arcosolios albergaban otros frescos. La luneta, hoy cerrada, cerca de la capilla actual de San Gerlando, estaba decorada con la Ascensión y una figura de un Santo en el Trono; en la segunda, un tríptico que representa a la Virgen con el Niño entre San Onofre y la Virgen con el Niño, y en los desvelos dos figuras de Santos; en la tercera luneta, San Dionisio de Francia; en la cuarta, San Juan Evangelista; y la Virgen de Itria colocada en uno de los pilares, frente a la capilla de San Bartolomé.
La capilla de San Bartolomé hoy conserva, en el nivel inferior, una capilla abovedada dedicada en el siglo XIV a San Bartolomé, con rastros de frescos que representan a San Bartolomé, la Crucifixión y la Virgen del Leche, San Cristóbal y un Santo, que ahora están musealizados.
