Les différentes phases de construction et de reconstruction, qui au fil du temps ont été ajoutées à la structure originale, justifient différentes superpositions stylistiques.
La Cathédrale au XIVe siècle a prolongé les trois nefs avec une succession de colonnes octogonales surmontées d’arcs brisés, comme on peut les voir aujourd’hui le long de la nef sud.
La Cathédrale était composée de trois nefs, un transept avec trois absides. La tribune principale était dédiée à la Vierge Assumée au Ciel et à Saint Jacques, la deuxième tribune de droite à Saint Gerlando et Saint Jean l’Évangéliste, et la troisième au nord en l’honneur de Saint Étienne le Protomartyr et de Saint Gilles l’Abbé. Cela semble être l’extension de l’église dans la première moitié du XIVe siècle, correspondant à l’actuelle.
Suivent l’autel de Saint Éloi, l’autel du Sépulcre de Saint Gerlando, la chapelle de Saint Barthélemy, l’autel de Sainte Marie, et l’autel de Sainte Agathe. Le toit devait probablement être caractérisé par un plafond à charpente, dont il ne reste aucune trace.
Entre 1330 et 1360, la Cathédrale a élargi la disposition des nefs, identifiées aujourd’hui dans la succession de piliers octogonaux en grès, qui ne restent aujourd’hui que le long du côté sud de la nef centrale de l’église, et une série de lunettes vides qui étaient autrefois finement fresquées, grâce à la contribution financière de familles nobles d’Agrigente.
À l’origine, deux sarcophages en marbre devaient contenir les corps de Markisia Prefolio, une noble d’Agrigente, épouse de Federico Chiaramonte, et de leur fils Federico, ainsi que de Marino Capizzi.
De cette période datent les fresques de la nef sud et de la chapelle de Saint Barthélemy sous la tour de l’horloge normande. Les fresques détachées en 1951 sont maintenant conservées dans les salles du Musée Diocésain. Ce sont treize fragments, datés entre le XIVe et le XVe siècle.
Le long de la nef sud, une série d’arcosoliums abritaient d’autres fresques. La lunette, aujourd’hui fermée, près de la chapelle actuelle de Saint Gerlando, était décorée de l’Ascension et d’une figure de Saint en Trône; dans la seconde, un triptyque représentant la Madone à l’Enfant entre Saint Onuphre et la Madone à l’Enfant, et dans les ébrasements deux figures de Saints; dans la troisième lunette, Saint Denis de France; dans la quatrième, Saint Jean l’Évangéliste; et la Madone de l’Itria placée sur l’un des piliers, en face de la chapelle de Saint Barthélemy.
La chapelle de Saint Barthélemy conserve aujourd’hui, au niveau inférieur, une chapelle voûtée dédiée au XIVe siècle à Saint Barthélemy, avec des traces de fresques représentant Saint Barthélemy, la Crucifixion et la Madone del Latte, Saint Christophe, et un Saint, qui sont aujourd’hui muséalisées.
